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果膠酶由黑曲霉經發酵精制而得。外觀呈淺黃色粉末狀，被稱為四大酶制劑之一。其實果膠酶并不特指某一種酶，而是分解果膠的一類酶的總稱，包括半乳糖醛酸酶、果膠分解酶和果膠脂酶等。分解果膠的一個多酶復合物，通常包括原果膠酶、果膠甲酯水解酶、果膠酸酶。通過它們的聯合作用使果膠質得以完全分解。天然的果膠質在原果膠酶作用下，轉化成水可溶性的果膠；果膠被果膠甲酯水解酶催化去掉甲酯基團，生成果膠酸；果膠酸經果膠酸水解酶類和果膠酸裂合酶類降解生成半乳糖醛酸。